세액공제의 이월과 감면의 중복적용

내국인이 동일한 과세연도에 창업중소기업에 대한 감면, 중소기업에 대한 특별감면 등의 감면과 중소기업투자세액공제, 임시투자세액공제 등의 공제가 같이 적용되는 경우에는 감면 또는 공제 중 하나만을 선택할 수 있다.

다만, 전기의 투자세액공제 이월액이 있는 경우에는 당기에 감면을 같이 적용받을 수 있다.

 

[질의]
「조세특례제한법」제132조에 의한 최저한세 적용으로 공제기간 내에 있는 임시투자세액 미공제 이월액이 있는 중소제조업체가 2004년 결산시 같은법 제127조 제4항에 의하여 중복공제가 되지 않는 것으로 착각하여 같은법 제7조에 의한 "중소기업에 대한 특별세액감면"만 적용하였으나 뒤늦게 임시투자세액공제 이월분과 중소기업특별세액감면의 중복적용이 허용됨을 알게 됨.
당 법인의 2004사업연도 법인세신고시 최저한세 한도까지 임시투자세액공제를 받지 못한 경우 착오로 공제받지 아니한 미공제 이월 임시투자세액은 2005사업연도 범위 내에서 공제가 가능한지, 2004사업연도 법인세신고서를「국세기본법」제45조의 2에 의한 경정청구가 가능한지.
 
[회신]
1. 귀 질의의 경우와 같이 임시투자세액공제의 이월분과 중소기업투자세액감면이 중복되는 중소기업이 임시투자세액공제를 적용받지 아니하고 2004사업연도 법인세신고를 한 경우에는「국세기본법」제45조의 2의 규정에 의하여 경정청구를 할 수 있는 것이며, 이월된 세액공제액을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제한 후 2005사업연도에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월된 세액공제액을 계산하는 것임.

2. 귀 질의와 관련된 조세법령 및 기존질의회신문(서이-9, 2005.1.3. 외 4건)을 참고하기 바람.

참고예규: 1. 서이-9(2005.1.3.)
최저한세 적용대상 법인인 중소법인이 납부할 법인세액과 이월될 연구 및 인력개발비 세액공제를 계상함에 있어서, 전기에 이월된 최저한세 적용대상인 연구 및 인력개발비 세액공제액과 당해연도에 발생한 최저한세 적용대상에서 제외되는 연구 및 인력개발비 세액공제액이 함께 있는 경우에는, 전기이월된 세액공제액을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제한 후 당기에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월될 세액공제액을 계산하는 것임.

2. 서이-2764(2004.12.28.)
반도체개발을 주업으로 하는 최저한세 적용대상 법인인 중소법인이 납부할 법인세액과 이월될 연구 및 인력개발비 세액공제를 계상함에 있어서, 전기에 이월된 최저한세 적용대상인 연구 및 인력개발비 세액공제액과 당해연도에 발생한 최저한세 적용대상에서 제외되는 연구 및 인력개발비 세액공제액이 함께 있는 경우에는, 전기이월된 세액공제액을 최저한세 범위 내에서 먼저 공제한 후 당기에 발생된 세액을 공제하여 납부할 법인세액 및 이월될 세액공제액을 계산하는 것임.

3. 서이-18(2005.1.3.)
「조세특례제한법」제127조 제4항의 규정에 따라 세액감면과 투자세액공제가 동일사업연도에 발생하여 적용할 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있으며, 투자세액공제는 당해연도 이전에 발생하여 이월된 것이고, 세액감면은 당해 사업연도에 발생한 경우에는 두가지를 동시에 적용할 수 있는 것임.

4. 서이46012-11081(2002.5.24.)
임시투자세액공제 신청하지 않은 경우에도 경정청구에 의해 공제 가능함.

5. 법인46012-89(1999.1.9.)
창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하는 법인세 경정의 경우, 당초 최저한세의 적용으로 임시투자세액공제액의 이월공제액이 발생한 경우는 재계산한 최저한세의 범위 내에서 추가공제됨.